Brennan har kidnappas av hennes forna assistent Zack Addy. Brennans försvinnande är bara början på en rad nya problem.
En kropp identifieras som mannen som hjälpte till att tillverka artificella botmedel och teamet undrar om det är hans egna uppfinning som kanske har dödat honom. Brennan planerar sin egna överraskning för alla på sin egna 40-års dag.
Ett lik hittas på en avfallshanteringsanläggning, och spåren leder teamet till ett ålderdomshem där det pensionerade offret och hans vänner döljer många hemligheter.
Aubreys pappa dyker plötsligt upp igen vilket ställer honom inför ett moraliskt dilemma. Ett gammalt mord utreds igen.
När en lärare hittas mördad söker teamet alla möjliga misstänkta, även rumskamrater med ett brottsligt förflutet.
Kvarlevorna av en sönderstyckad kropp tillhörande en känd golfare för teamet till en golftävling. Där får de reda på en kärleksaffär med en rival som kan ha lett till mord. Hodgins letar efter bevis som kan bevisa att Zack är oskyldig.
Booth gräver i sitt förflutna när en rad döda kroppar hittas i Washington och som alla kan sammankopplas med hans tid i armén. Brennan oroar sig för sin pappa och undrar om hon kan lita på honom efter att han har hemlighållit ett medicinskt ingrepp.
En psykopatisk mördare förföljs av minnen och försöker undslippa systemet genom att begrava sina offer levande på kyrkogårdar. Mördaren ser hur polisen upptäcker hans förflutna och blir arg och planerar en attack emot dem.
Booth, Brennan och Aubrey går undercover för att utreda en fruktansvärd olycka. Doktor Gordon återvänder för att hjälpa Hodgins och Cam när de fastnar i Gormorgon-fallet.
En sönderfjättrad och bränd kropp tillhörande en blivande författare och regissör landar på en förbipasserande bil. Brennan får råd av doktor Mayer om jobb och kärleksliv.
Booth försöker hjälpa sig själv och de närmaste runt sig när Kovac rymmer och påbörjar sin mest farliga plan hittills.
När Brennan vaknar verkar hennes minne och intellekt inte fungera normalt, samtidigt som en gammal fiende återvänder och en ny era inleds på Jeffersonian.