När Splinter för första gången låter sköldpaddorna besöka ytan så försöker de rädda en flicka från några skurkar, men upptäcker snart att de inte vet hur de ska slåss som ett lag.
Sköldpaddorna får veta att April och hennes far är kidnappade av Kraang, en ond utomjordisk ras som förklätt sig i människoliknande robot-kroppar. Kan sköldpaddorna infiltrera fiendens gömställe och lära sig slåss som ett lag?
Raphael tappar humöret när en oförskämd New York-bo filmar när sköldpaddorna slåss mot ett gäng Kraang-robotar. Sköldpaddorna måste få tag i det filmade materialet innan det hamnar i fel händer.
För att bevisa att sköldpaddor kan vara vänner med människor så går Michelangelo med i ett socialt nätverk på internet och skaffar sig en människovän. Men kan han verkligen lita på denna vän?
När sköldpaddorna smyger ut mot Splinters vilja så möter dom Baxter Stockman, en galen uppfinnare i en mekanisk stridsrustning.
Donatello är frustrerad över att han måste använda en enkel bo-stav för att slåss mot de teknologiskt avancerade Kraang, så han skapar Metalhead, en fjärrstyrd robotsköldpadda som får ta hans plats.
Donatello och April undersöker en vetenskapsmans försvinnande, men upptäcker istället en konspiration innehållandes en synsk, muterad apa.
Leo är rädd att hans barmhärtighet gjort honom en otjänst när Xever håller ägaren till den lokala nudelbaren som gisslan.
Efter att April fått en varning från hennes kidnappade far så beger sig hon och skölpaddorna ut på ett uppdrag för att rädda honom samt stoppa Kraang från att spränga en mutagenbomb mitt i staden.
Sköldpaddorna måste skydda sitt hem nere i kloakerna när Bradford försöker förgöra det med en farlig kemisk substans.
Flertalet faror på en och samma gång tvingar sköldpaddorna att dela upp sig i två lag. Donnie och Mikey tvingas bevisa att deras B-lag är precis lika värdefullt som Leo och Raphs A-lag.
Michelangelo blir vän med en labil muterad alligator som visar sig ha teknik tillhörandes Kraang i sin ägo. Kan de lita på honom?
Sköldpaddorna möter en ny fiende kallad Råttkungen, som inte bara hotar att ta kontroll över hela staden, utan även över Splinters sinnen.
Leonardo tröttnar på Raphaels konstanta kritiserande och låter sin bror ta över ledarskapet. Under tiden så träffar Leo en vacker men livsfarlig kvinnlig ninja.
När Aprils skolprojekt drar till sig Kraangs uppmärksamhet så måste sköldpaddorna gå till skolan.
Turtles träffar sitt första fan, en tonåring som klär ut sig och kämpar mot brottslighet.
Turtles upptäcker vad Kraang egentligen vill.
Turtles jagas av en alldeles enorm kackerlacka.
Baxter Stockman försöker hämnas på Turtles.
Efter att ha bevittnat Kraangs aktioner så föreslår Karai för sköldpaddorna att de ska bilda en allians. Men kan de lita på henne?
Fotklanen lyckas tillfångata April och tvingar henne till att försöka försvara sig mot Karai.
När Shredder planerar att skapa en skräckinjagande armé av mutanter så har sköldpaddorna inget annat val än att ta emot hjälp.
Efter att Leonardo, Raphael och Donatello blivit hjärntvättade av en parasitisk geting så är det upp till Michelangelo att rädda sina bröder.
Donatello bryter sig in i Kraangs fångläger för att försöka rädda Kirby O'neil. Men när Donatello upptäcker att de är instängda tillsammans med en livsfarlig mutantfånge så inser han att bryta sig in var den enkla delen.
Leo, Raph, Mikey och Donnie är muterade sköldpaddor tränade till ninjor utav råttan Master Splinter.
När de beger sig in i TCRI för att stänga ner en utomjordisk portal och stoppa Kraangs onda planer, så hamnar sköldpaddorna i sin svåraste kamp hittills!