Jim Gordon och Bruce Wayne försöker hantera kaoset i Gotham när alla kriminella som överlevt attacken börjar muta in olika territorier i staden. Selina försöker hantera sin osäkra framtid.
Gordon och Bullock utreder ett fall med kidnappade barn. Barbara visar sig bli en otippad allierad. Bruce är på jakt efter något som kan bota Selina.
Selina är besluten att hitta Jeremiah och övertygar Bruce om att hjälpa henne. Med Haven som en fredad plats för flyktingar hoppas Gordon kunna stoppa gängkriget i Gotham.
Gordon och Penguin tvingas samarbeta när Lucius, Nygma och Barbara alla har olika misstankar om vem som låg bakom bombdådet i Haven. Selina fortsätter sin jakt på Jeremiah för att utkräva hämnd.
En militärstyrka, ledd av Eduardo Dorrance, anländer till Gotham för att ge understöd. Nygma söker svar från Penguin vilket leder honom till Hugo Strange.
Gordon samlar ihop ett otippat team för att försvara Gotham från Dorrance och hans militärtrupp. Barbara berättar en nyhet för Gordon som kommer att förändra hans liv för alltid.
Jeremiah återvänder med en bisarr plan för att få en särskild kontakt med Bruce. Gordon kämpar för att Gotham City åter ska ha kontakt med fastlandet.
Bullock konfronteras med sitt förflutna när han och Gordon utreder morden på två före detta poliser. Bruce och Alfred utforskar tunnlarna under staden.
Gordon blir skjuten när han försöker medla mellan Gothams kriminella gäng. Ivy dyker upp igen och visar sig ha intrikata planer.
Inför Gothams återförening med fastlandet ställs Gordon och Bruce inför en förvandlad Eduardo Dorrance, som nu kallar sig Bane. Barbara ber Lee om hjälp inför sitt barns födsel.
Medan Bane startar sin slutgiltiga plan för att förstöra Gotham samlar Gordon sina forna fiender för att rädda staden. Bruce har bestämt sig för att lämna Gotham, till Selinas stora sorg.
Tio år senare återvänder Bruce till Gotham för öppnandet av nya Wayne Tower. Gordon kommer en konspiration på spåren. En ny figur äntrar scenen för att bli den hjälte som Gotham City behöver.