Efter att NCIS misslyckats med att hitta mullvaden i departementet insisterar Corbin Duggan att ett nytt ledarskap tillsätts och tar över Los Angles-enheten från Hetty och Granger. Teamet åker på ett uppdrag i Syrien och en teamspelare blir allvarligt skadad.
NCIS-teamet i LA undersöker en kidnappning samtidigt som de är två man kort. Hetty hålls i förhör i D.C. och den andra teammedlemmen är fortfarande i ICU.
En agent på Homeland Security blir förgiftad av den ökände Triad-ligan och NCIS upptäcker ett varuhus med förfalskade plånböcker och pengar stulna från staten. Nell ansluter till teamet ute på fältet.
Mordet på en marin-maskinist med högt säkerhetsvärde får teamet att leta förbrilt efter bevis. Anna Kolcheck går ihop med Callen och Sam hjlälper Hetty.
Efter att en vaktmästare räddat livet på en örlogskapten upptäcker teamet hans mörka bakgrund som sätter en tonårings liv i fara. Under tiden måste Sam bestämma vem som ska få hänga med på en fotbollsmatch.
Callen går undercover som mentalpatient på ett sjukhus för att leta reda på en NSA-agent som försvunnit under sökandet efter ISIS.
När en doktorand som utvecklar ett elektromagnetiskt vapen för marinen attackeras, avslöjar teamet en länk till internationell krigföring.
Callen tvingas förhöra sin pappa när han hittas i en av NCIS-patientsängar på ett sjukhus. Teamet diskuterar sina planer för tacksägelsehelgen.
Teamet får en ny ledtråd under en utredning när två män, utklädda till sheriffer, dödas utanför Callens hem. Under tiden besöker Nell en fånge som undanhåller information om en läcka.
Teamet undersöker försvinnandet av en örlogskapten som jobbar med utländska cyberhot på NSA.
Efter att en reservofficer dödats när han skyddat en stadsfullmäktigeledamot, skickas Sam undercover i ett privat säkerhetsföretag med kopplingar till ett flertal brottsliga organisationer. Callen och Anna diskuterar deras nästa realtionssteg.
Mullvaden har återigen äventyrat NCIS-teamet genom att plantera bevis som leder till att Callen, Sam, Granger och Deeks arresteras.
Hetty bestämmer sig för att ta egna beslut och en agent blir kidnappad av mullvaden.
En agent hålls i fångenskap på en okänd plats och blir torterad av mullvaden och en annan blir sviken av någon väldigt oväntad.
Efter att en person från ett ålderdomshem kidnappats upptäcker NCIS-teamet ett par bedragare, Ginger och Edward, som hoppar från hem till hem för att lura av gamlingarna hela deras förmögenhet.
Sam antar en annan skepnad och går undercover för att fånga en eftersökt knarkhandlare. Hetty avbryter Callen och Annas romantiska kväll med att be dem att transportera en brottsling.
US Treasury Department har hackats och Neil och Erik går undercover för att komma nära mannen och hustrun som är kopplade till brottet. Specialisten Dave Flynn kommer från NCIS cyberkontor i San Diego.
En ingenjör som håller på att ta fram en ny missiljagare blir mördad. Callen och Sam går undercover för att leta rätt på ingenjörens medarbetare som är intresserad av att sälja denna hemligstämplade modell.
NCIS-teamet undersöker en försvarsentreprenör som utformar ett kärnvapenattacksvapen efter att hennes utestängda man sagt att han har bevis på att hon säljer marinkårens hemligheter till en utländsk regering.
Hettys gamla kollegor från Vietnamn hjälper till när en marinkapten kidnappar en korrupt veteranadministrator.
Teamet jobbar tillsammans med Hettys gamla vietnamnkollegor med en gammal guldkupp.
Sams fru Michelle kidnappas och kidnapparna kräver att fången Tahir Khaled ska friges. Tahir är Sams ärkefiende.
Sam Hanna kör sitt egna race i ett försök att stoppa Tahir från att någonsin ge sig på hans familj igen.