Den nyanlände Dr. Clock har något av en galen personlighet och insisterar på att kalla J.D för Johnny. Men J.D låter sig inte nedslås, för om en vecka så är han själv färdig läkare.
Doktor Clock försöker få J.D och Elliott att sluta fred. Samtidigt tvingas doktor Cox och Turk att samarbeta för att hjälpa en patient.
Doktor Cox kan inte vänja sig vid att doktor Clock behandlar hans patienter, medan Turk tvivlar på sina läkarkunskaper.
JD blir chockad när Doktor Cox säger till de nya läkarkandidaterna att de någon gång kommer att klanta sig och döda en patient. Elliot bråkar med Molly om en patients drogavvänjning.
Elliot är osäker på om Molly verkligen är en bra mentor. JDs ledaregenskaper testas när Doktor Cox skriker åt honom inför läkarkandidaterna. Carla och Turk försöker hitta en lösning på sina nattliga problem.
Dan dyker upp igen och JD får chockerande nyheter. Turk får veta att han har diabetes.
Turk tipsar JD om ett sätt att få vad man vill ha. Doktor Cox och doktor Kelso går samman för att besegra en gemensam fiende.
Molly får jobb i en annan stad. Hon och JD tillbringar en het kväll tillsammans innan hon åker.
JD kontaktas av en advokat som vill att han utför en riskabel operation på hennes far. Turk kämpar för att undvika en hypokondrisk patient.
Elliot försöker bevisa att hon är en fullfjädrad läkare och inte behöver hjälp längre. Hennes beteende gör doktor Cox nervös.
JD tar saken i egna händer och börjar söka efter en släkting till sin favoritpatient. Elliot är trött på kollegor som inte tar henne på allvar och upptäcker ett sätt att hantera problemet på.
JD ska hålla föredrag för en grupp studerande om hur det är att vara läkare men gör det på ett mer personligt sätt än väntat.
JD:s ego får sig en ordentlig törn när Elliot hela tiden lyckas ge deras patienter bättre vård. Samtidigt leker Turk rysk roulette med sin diabetes.
En man som skadas i ett barslagsmål lär Turk och JD en läxa om att göra det bästa av livet.
JD är kär i en tjej han har träffat på en klubb, men vet inte om han ska berätta för henne att hennes pojkvän har gonorré.
JD försöker imponera på Kylie på deras första dejt. Turk får veta att Carla har dejtat Cox en gång i tiden.
JD börjar fantisera om att göra en TV-serie om sitt liv på sjukhuset. Turk och Carla kämpar för att behålla romantiken i sitt förhållande.
JD kastas ut från sin lägenhet. Cox misstänker att en gammal väns son är autistisk.
JD dumpar en iskall Kylie för doktor Clock, som precis kommit tillbaka från Milwaukee. Carla är arg som ett bi för att Turk har tät telefonkontakt med ett ex.
Kelso försöker bevisa för Cox att han har rätt. JD och Turk festar loss och Carla söker tröst hos Elliott.
Carla och JD går ut för att Carla ska få ha lite kul. De blir fulla och råkar plötsligt kyssa varandra. Elliott har problem med en manlig patient.
JD och Carla bemöts med total tystnad från Turk. Cox söker motvilligt Elliotts hjälp när en epileptisk patient vägrar lyssna på honom.
Turk vägrar att prata öppet på parterapin, medan Elliott väljer att inte lyssna på Cox kärleksråd. JD får en lektion i medmänsklighet från en döende gammal tant och sjukhuset invaderas av råttor.
Elliott har kärleksproblem, medan doktor Cox lär Turk om det hälsosamma egot och doktor Kelso blir osams med fastighetsskötaren.
AT-perioden är över vilket medför stora förändringar på sjukhuset; JD skaffar egen lägenhet, Jordan anställs för att hjälpa doktor Kelso med hans papper och Elliott får ett jobberbjudande från ett annat sjukhus.