AO saa tietää, että ainoa tapa pysäyttää Magnus on sulkea Fortus Core Cell. AO:n on päätettävä, auttaako hän Benton Duskia tuhoamaan Fortus Core Cellin.
Hide Matrix sekoaa ja tuhoaa AO:n päämajan. Sankarit saavat uuden tarkoituksen tunteen puhuttuaan Benton Duskin kanssa.
Sankarit odottavat taistelua Brakistanissa, mutta heidän vanhat vihollisensa Lord Brakken, Magnus ja Nillious ovatkin yllättävän iloisia nähdessään heidät. Shun vakuuttaa Lord Brakkenille, että hänen on tehtävä vihollistensa kanssa yhteistyötä.
AO:n kone joutuu Pyravianin hyökkäyksen kohteeksi tämän luullessa ryhmää Bakuzoniksi. Sankarit joutuvat taisteluun Tikon Bakuzon-joukkoja vastaan.
AO ilmoittaa taistelleensa väärän asian puolesta ja huomaa, että Tiko on korruptoinut Bentonin. Sankarit kääntyvät Philomena Duskin puoleen saadakseen apua.
Kun vanhemmat kääntyvät lapsiaan vastaan ja takavarikoivat lasten Bakuganit, AO etsii Rowdy Redsin käsiinsä. Sankarit yrittävät saada liittolaisia ja varoittaa muita lapsia.
Lian taistellessa China Riotin kanssa China tajuaa tulleensa Benton/Tikon huijaamaksi. Epätoivoinen AO kääntyy Shunin isän, Ichiro Kazamin, puoleen.
Kun ryhmä tajuaa Ichiron pitävän kultaista Bakugania vankina, heidän on tehtävä valinta kahden pahan väliltä. Shun esittää vetoomuksen Ichirolle.
AO:n on käsiteltävä henkilökohtaiset tappionsa Vestroia-labyrintin sokkeiloissa. AO ja Magnus muodostavat liittouman vapauttaakseen kultaisen Bakuganin, mutta heidän erimielisyytensä johtavat kamalaan uhraukseen.
Sankarit ovat vaikeuksissa yrittäessään parantaa Thrynon. Kun mikään muu ei auta, jäljellä on vain yksi keino: mennä Thrynon kehon sisälle ja tuhota virus välittömästi.
Kun Dan ja Drago taistelevat vapauttaakseen Trhynon Tikon tartunnasta, he oppivat Vestroian historiasta ja Kultaisen Bakuganin luonteesta. Trhynon on annettava Danille ja Dragolle tarpeelliset voimat, jotta Tikon pysäyttäminen olisi mahdollista.
Kun Shun ja Lia löytävät Ichiron ja Masaton etsiessään uusia liittolaisia. Shun, Lia ja Masato valmistautuvat taisteluun.
Dusk-joukkojen hyökätessä Numena Core Celliin sankareiden ja heidän liittolaistensa sisäinen valtataistelu uhkaa repiä liittoutuman hajalle.
Tikon ja AO-ryhmän välinen viimeinen yhteenotto jättää maapallon ja Vestroian tulevaisuuden vaakalaudalle. Ryhmä palaa kotiin sankareina kohdistaen katseensa jo uusiin seikkailuihin.