Gleeklubben återgår som underdogs i McKinley High, Mr Schuester driver eleverna till att rekrytera nya medlemmar, Rachel och Finn blir oense angående nya medlemmar i klubben.
Hejaklackstjejen Brittany vill att Glee-klubben ska göra ett uppträdande med Britney Spears-tema men Will är tveksam till det. Emma har en ny man vid sin sida, tandläkaren Carl Howell. Will är nyfiken på honom och bjuder in tandläkaren till skolan för att föreläsa om munhygien.
Finn tycker sig se Jesus ansikte i sin smörgås och hamnar i en existentiell kris. Kurt drabbas också av en kris och deras tillstånd leder till en gruppdiskussion om religion.
Ungdomarna i Glee-klubben får i uppgift att sjunga duetter och tävla mot andra par. Finn och Rachel gör upp en plan för att ett speciellt par ska vinna. Relationen mellan Tina och Artie förvandlas till ett triangeldrama.
Will bestämmer att skolans årliga musikaluppsättning ska bli The Rocky horror show. Glee-klubben tar sig an musikalen på sitt eget vis.
Puck kommer tillbaka till skolan. Finn ger Sam tips om hur han kan hantera de situationer som kan uppkomma med flickvännen Quinn.
Spanskläraren Holly Holiday hoppar in som vikarie när Will blir sjuk. Hennes okonventionella metoder gör att hon genast får Glee-klubbens uppskattning. Sue vikarierar för rektor Figgins och hon försöker genast visa sin makt.
Kurts pappa och Finns mamma berättar att de tänker gifta sig och Kurt insisterar på att Glee-klubben ska få uppträda på bröllopet. Sue, som planerar att gifta sig med sig själv, får besök av sin mamma. Dessutom blir skolans ledning tvungna att ta itu med ett mobbingproblem.
Glee-klubben deltar i en stor tävling där de möter Kurt som nu tävlar för en annan skola. Emmas och Carls relation går framåt men några av de yngre paren har problem.
Julen närmar sig och Finn försöker skapa julstämning på skolan. Artie upptäcker att Brittany fortfarande tror på tomten. Lärarna ger varandra hemliga presenter men en av dem försöker vrida det hela till sin fördel.
Will och Shannon försöker sammanföra fotbollslaget och Glee-klubben. Sue utarbetar en riskfylld plan för att vinna ett efterlängtat pris. Samtidigt övar medlemmarna i klubben på en tolkning av Michael Jacksons låt Thriller.
Alla hjärtans dag närmar sig och Glee-klubben får i uppdrag att framföra låtar med temat kärlek. En oskyldig kyss-lek får gammal kärlek att flamma upp och nya relationer att börja vackla.
Rachel smider planer för att öka sin sociala status på skolan och tar hjälp av Brittany för att lyckas. Sam startar ett hyllningsband till Justin Bieber. Sue är deprimerad och Will övertalar henne att vara med i Glee-klubben för att bota depressionen.
Rektor Figgins försöker lära eleverna om alkoholens skadliga verkningar. Men lärarnas beteende gör förmaningarna verkningslösa. Dagen innan Glee-klubben ska uppträda, ordnar Rachel en fest för medlemmarna.
Den frisinniga vikarien Holly Holliday återvänder till skolan och hon och Will försöker undervisa eleverna i sexualkunskap. Emma och Carl har personliga problem som de inte vet hur de ska handskas med.
Showkören New Directions inser att enda chansen att vinna tävlingen är att uppträda med sina egna sånger. Quinnis är fast besluten om att vinna tillbaks Finn.
Skolan behöver hjälp med att samla in pengar och Glee-kören ställer upp med sång. Kärleken sätts på prov och några av eleverna ställs inför svåra val.
Will har en lektion om självacceptans till Lady Gagas musik. Lauren och Quinn tävlar om vem som ska bli skolbalens drottning. Rachel står inför ett livsavgörande val.
Sue skriver provocerande saker i skoltidningen. Glee-klubben får veta intressant information om Sam. April Rhodes återvänder och försöker övertala Schuester att samarbeta med henne i ett nytt projekt.
Rektor Figgins frågar kören New Directions om de kan stå för underhållningen på skolbalen. Tävlingen om vem som ska bli balens kung och drottning pågår för fullt och blir mer hysterisk för varje dag. Jessie St James återvänder till skolan.
Kören New Directions får hjälp av Jessie St. James med planering av en låtlista till den stora nationella tävlingen. En oväntad förlust skakar om eleverna på skolan.
Kördeltagarna åker till New York för att delta i den nationella tävlingen. Will försöker hålla det hemligt att han ska sluta på skolan, under resan. Finn gör allt för att vinna tillbaks Rachel.