Efter sju år, när alla har gått vidare med sina liv, upptäcks det att Michael fortfarande är vid liv - i ett fängelse i Jemen. Lincoln får besök av ett bekant ansikte och får reda på nyheterna om Michael och vart han befinner sig.
När Lincoln och C-Note letar efter Sheik of Light försöker Michael och hans cellkamrat Whip fly från fängelset. Saras undersökningar angående Michaels återuppkomst leder henne till utrikesdepartementet och en obekväm återförening med Paul Kellerman.
När T-Bag får tag på Sara varnar han henne för att hon är förföljd av Van Gogh och A&W. Lincoln försöker återfå sitt pass för att fly från Jemen och Michael planerar sitt nästa drag.
Michael, Whip och Ja gör ett sista försök att fly från Ogygia men måste göra en överenskommelse med djävulen för att lyckas. Lincoln tävlar mot klockan för att hjälpa till med flykten, samtidigt som T-Bag träffar Kellerman för att få mer information.
Lincoln försöker förstå vad som egentligen har hänt med Michael. C-Note har en flyktplan och Sara brottas med tanken att Michael kanske fortfarande lever.
När Michael, Lincoln och resten av Ogyia-gänget försöker fly från Jemen upptäcker dem att de blir jagade genom öknen av den hämndlystna Cyclops.
Sara fruktar över sin familjs säkerhet när hon upptäcker anledningen till varför Michael fejkade sin död. Sucre hjälper Michael och Lincoln att hitta en väg hem.
Michael och Lincoln värver hjälp från Sheba och C-Note för att ta fast Posiedon, när Sara och hennes son är hotade. Whip tar ett uppdrag vid sidan om samtidigt som T-Bag kommer med ett avslöjande.
Riskfyllda hot gör att Michael och Lincoln måste kämpa för att skydda Sara och Mike Jr. Samtidigt fortsätter Poseidon att försöka överlista Michael och resten av gänget, vilket leder dem till den ultimata uppgörelsen.