Jeffrey Tenner, informatico visionario, non riesce a darsi pace per la morte della figlia e inventa una applicazione utile a risolvere casi di omicidio o scomparsa con l'aiuto della comunità.
L'applicazione inventata da Tanner inizia a dare i primi risultati quando un utente posta un video che mostra la figlia di Jeffrey assalita da cinque sconosciuti. Intanto, un ragazzino sparisce e i genitori si rivolgono a Sophe.
Sophe identifica un assassino seriale operativo tra la Silicon Valley e la Baia di San Francisco. Il programma, inoltre, individua caratteristiche comuni ad omicidi irrisolti che nessuno aveva notato prima.
Il Dipartimento di Polizia di San Francisco si rivolge a Tanner per risolvere un caso estremamente delicato caricato di forti significati politici. L'aiuto di Sophe si rivela provvidenziale.
La precedente azienda per cui Tanner lavorava sostiene che Sophe è stato creato utilizzando alcuni codici protetti da copyright e minaccia di far chiudere l'organizzazione. Cavanaugh cerca di risolvere il caso dell'omicidio di un investigatore.
La squadra deve individuare la fonte di una micidiale sfida online rivolta agli adolescenti vulnerabili. La connessione di Alex con la precedente società di Tanner potrebbe essere un problema personale e politico.
L'azienda in cui precedentemente Tanner era impiegato non smette di importunarlo e promuove una azione legale contro Sara per proibirle di utilizzare Sophe. Nel contempo riemergono le tracce di un terrorista scomparso da decenni.
Mentre la squadra è impegnata ad aiutare il dipartimento di polizia di San Francisco per risolvere un caso di omicidio, Sophie viene presa di mira e diventa il bersaglio di un attacco informatico.
Tanner scopre l'esistenza di nuove prove nel caso di Mia, ma la cessione di queste informazioni è vincolata ad una offerta che coinvolge Sophe. Sara, intanto, è impegnata nella difesa del proprio lavoro.
La squadra deve trovare un assassino che prende di mira celebrità online e trasmette i loro ultimi momenti su una piattaforma di live streaming. Sara è preoccupata di di non poter più usare Sophe.
Un amico d'infanzia di Tariq viene preso di mira da uno psicopatico violento. Tanner cerca di individuare un testimone chiave dell'omicidio di Mia.
Quando l'uomo condannato per l'omicidio di Mia si risveglia dal coma, Tanner e Cavanaugh ricevono nuovi dettagli in merito al loro sospetto, la cui reale identità, però, non è ancora chiara.
Quando un utente di Sophe viene ucciso, Cavanaugh inizia a studiarne la vasta collezione di documenti animati da teorie cospirazionistiche. Alex partecipa all'udienza per il rilascio dell'uomo condannato per l'omicidio di Mia, Carlos Ochoa.