Cypher

När FBI lägger vantarna på ett mystiskt dokument kallas kryptoanalytikern Will Scott in för att knäcka dess kod. Uppdraget visar sig vara direkt livsfarligt, samtidigt som Will kämpar med sina dagliga utmaningar som förälder.

Den skicklige FBI-analytikern Will Scott får i uppdrag att avkoda ett hemligt dokument. Det visar sig vara en dödslista, och Will förvandlas snart till en måltavla för skurkarna som ligger bakom den.

Will försöker att lista ut vem det är Kurt har jobbat för, och återvänder till Claire så att de kan knäcka resten av den krypterade listan tillsammans. På annat håll får FBI:s utredningsteam anledning att ifrågasätta vem Will verkligen är.

Will och Claire kämpar för att hinna varna nästa person på listan, samtidigt som Will måste fortsätta hålla sig under radarn. FBI-teamet får ett genombrott i sin utredning när de går till botten med vem som bär skulden för flera agenters död.

Will får kontakt med sin dotter, Anna, som lovar att hålla tyst om hans hemlighet. FBI pratar med Wills närmaste i hopp om att finna honom, och pressen ökar dramatiskt när Will och Claire begår ett misstag. Samtidigt inser Will vem nästa måltavla är.

När FBI lokaliserar en kopia av dödslistan kallar de in en ny kryptoanalytiker för att knäcka koden. Will besöker en hackerkompis och finner nya vägar för att låsa upp Kurts telefon, som visar sig innehålla överraskande information.

Säsongsavslutning. Will får anledning att frukta för Annas liv och inser att han behöver hjälp om han ska hinna knäcka koden i tid. Lösningen blir att återvända till FBI, men samarbetet försvåras av den misstro båda parter känner för varandra.